Le pH du substrat de croissance détermine la disponibilité des éléments nutritifs. Lorsque le pH du substrat est trop élevé, certains éléments minéraux (fer, manganèse, zinc, bore) sont moins disponibles dans la zone racinaire, ce qui influence le développement de la plante. Il est important de cultiver la plante dans un substrat ayant un pH idéal pour son développement. Généralement, un substrat, dont le pH se situe entre 5,8 et 6,4, convient pour la majorité des plantes annuelles comme les plantes à massif. Le pH élevé du substrat est occasionnel et mineur.
Feuille : différentes anomalies de coloration peuvent survenir selon la plante et le pH du substrat. La marge des feuilles est en forme de cuillère et les feuilles sont parfois craquantes ou cassantes. Les jeunes feuilles sont les plus affectées.
Fleur : diminution du nombre de fleurs ou floraison retardée.
Racine : le système racinaire est moins bien développé.
En serre, il est possible de corriger l’alcalinité d’un substrat en utilisant des produits acidifiants comme le soufre ou le sulfate d'ammonium. Il est important de faire analyser régulièrement son eau d’irrigation, de mesurer plusieurs fois par jour le pH et la salinité du substrat et/ou de la solution nutritive, d’avoir une fertilisation appropriée selon la plante (bonne dose et bon type d’engrais). S’assurer que le substrat est à une température adéquate (pas trop froid) pour le développement du système racinaire.