Chez le pommier, la pourriture des racines et du collet est causée principalement par Phytophthora cactorum, mais d’autres espèces de Phytophthora peuvent également intervenir. Phytophthora cactorum est un oomycète (règne des Chromistes) affectant une vaste gamme d’hôtes comprenant, entre autres, les arbres fruitiers (cerisier, pommier, poirier), les plantes ornementales (azalée, noisetier, rhododendron) et le fraisier. Phytophthora cactorum peut causer des dommages aux pommiers en infectant : 1) la greffe et le greffon ("collar rot"), 2) la partie basale du tronc et le collet du porte-greffe ("crown rot") et 3) le système racinaire ("root rot").
Au fil du temps, l’incidence de la maladie a diminué à la suite du développement de porte-greffes et de greffons résistants. La pourriture des racines et du collet est occasionnelle, mais demeure sévère lors des saisons pluvieuses. Les infections surviennent surtout au printemps et à l’automne lorsque les sols sont saturés d’eau. La maladie évolue rapidement et peut causer des pertes économiques importantes. Une fois établie au champ, la lutte à Phytophthora est ardue, voire impossible. Les plants affectés sont distribués en foyer ou de manière éparse.
Un diagnostic préliminaire peut être fait au champ en dégageant le sol entourant le collet et les racines des pommiers morts ou dépérissant. Gratter l’écorce qui recouvre la base du tronc et le collet et l’épiderme des racines pour voir si une coloration brun rougeâtre est présente. Généralement, il y a une démarcation nette entre les tissus sains (blancs) et affectés.
Phytophthora cactorum hiverne sous la forme de mycélium sur les tissus infectés, mais principalement sous la forme d’oospores dans le sol et la matière organique. Les oospores sont résistantes à la dessiccation et aux températures froides et demeurent viables dans le sol plusieurs années (2 à 12 ans). Au printemps, lorsque le sol est saturé en eau et que la température est supérieure à 10 °C, les oospores germent et produisent des sporanges. La majorité des sporanges sont observés dans les six premiers centimètres sous la surface du sol et près du collet des arbres.
Les sporanges relâchent des zoospores biflagellées mobiles. Les zoospores sont attirées par des exsudats émis par les racines et le collet et nagent vers eux pour les envahir. Au cours de la saison de production, l’eau d’irrigation contaminée constitue une source additionnelle de zoospores. Chez le pommier, les zoospores entrent par des blessures. La croissance de P. cactorum et les infections nécessitent une température fraîche et des conditions humides.
Feuille : sur les arbres infectés, les feuilles sont petites, jaunes en été et rouge à violet tôt en automne alors que le feuillage des arbres sains est encore vert.
Pousse : sur les arbres infectés, les pousses annuelles ont une faible croissance et dépérissent.
Tronc : présence d’un chancre brun rougeâtre à violet à la base du tronc. Les tissus sous-jacents sont brun rougeâtre à bruns. Ces tissus sont souvent délimités par une marge noire qui sépare les tissus sains et affectés. L’écorce infectée devient brune, molle et visqueuse lorsqu’elle est mouillée. Le chancre peut évoluer vers les racines ou vers la greffe. Si le greffon est sensible à Phytophthora, la maladie peut progresser au-delà de la greffe. Les vieux chancres forment une marge définie quand l’écorce sèche et des tissus calleux peuvent se développer à la marge du chancre. Les chancres finissent par encerclent complètement le tronc.
Collet : présence d’un chancre brun rougeâtre à violet au niveau de la ligne du sol. Les tissus sous-jacents sont brun rougeâtre et à mesure que la maladie évolue, le brunissement s’accentue et progresse vers le système racinaire. Les chancres finissent par encerclent complètement le collet.
Racine : présence d’une pourriture brun rougeâtre sur les racines principales et secondaires. Le système racinaire peut être réduit et les radicelles sont fines ou absentes. Le cortex racinaire peut montrer des taches, être pourri ou absent. Les symptômes débutent fréquemment au point d’émergence des racines sur le porte-greffe.
Arbre : flétrissement et dépérissement des plants. Selon leur taille et leur état de santé, les arbres déclinent sur plusieurs années ou rapidement dans le cas de jeunes pommiers.
Sur les feuilles, la maladie peut être confondue avec une carence en fer.
Sur le collet et le porte-greffe, la maladie peut être confondue avec la brûlure bactérienne atteignant le porte-greffe (Erwinia amylovora – absence de rougissement des tissus internes sous le niveau du sol).
Sur les racines, la maladie peut être confondue avec d’autres maladies racinaires ou des problèmes non parasitaires (blessures hivernales (au-dessus de la ligne de sol), asphyxie racinaire par un excès d’eau (tissus généralement noirs), etc.) qui causent le dépérissement de la partie aérienne. Un diagnostic des tissus atteints est requis.
Pour diminuer l’incidence de Phytophthora au champ, il faut privilégier les sols bien drainés et aérés et si l’humidité du sol est variable dans le verger, utiliser différents porte-greffes et assurer un drainage souterrain. Employer du matériel sain, des porte-greffes et des greffons résistants et lors de la plantation, inspecter le tronc, le collet et les racines. Favoriser l’irrigation goutte à goutte et cultiver sur des buttes. Assurer un dépistage tout au long de la saison de croissance. La lutte chimique est disponible avec des produits spécifiques contre les oomycètes.
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